StreamDNA に関して

エントリの続き。

Sequence Alignment の GPU による高速化は既知。よって、System S のような分散 DSMS において、どのようにスケールさせるかがキーとなるであろう。

- 膨大な短い塩基配列をどのように複数のノード（もしくは複数の GPUノード）に分散させるか？単純に並列化できるのか否か？
- SPADE で記述するのは Straightforward か？バイオインフォマティックスの専門家にとって、どのようなプログラミングモデルが一番適切か？