次世代 DNA シーケンサー＋GPU + ストリーム処理

今日の午後、生命理工学部の黒川先生とミーティングをした。詳細は Wiki に記載しているのでそちらを参照して頂きたいが、かなりいい線の成果が出せるような気がする。

DNA シーケンサーは毎秒 1.65 MByte の画像を生成。その画像から塩基配列(A,T,C,G) を判定。１回のランは１週間にわたり、生成されるデータサイズは 1～1.5TB。　シーケンサーの高性能化に伴って、出力するデータサイズも増すばかりだ。

一つのテーマは、このシーケンサーから出てくる画像を、ストリーム処理でリアルタイムに画像認識をし、得られる塩基配列データのみをデータに蓄える技術の研究開発。また、画像認識部には GPU を用いて高速化を行う。

この研究は２つの大事な貢献がある。一つは、ストリーム処理に GPU を適用した研究でかつリアルなアプリケーションを解いた点。 もう一つは、バイオインフォマティックスへの貢献。必要なストレージ容量を劇的に下げ、かつ処理時間を 1/x に削減したと言えば、バイオインフォマティックスに携わる研究者への大きな貢献にもなる。