2009年7月27日月曜日

実験環境

現在の研究室の実験環境を整理。

クライアント: 

- センサーデバイスをシミュレートするマシン(StreamDNA の場合、1台のみ)
- サーバー側のCPU使用率を少なくとも100%にするだけのノード(Load Shedding 技術検証のため)
- System S は必要なく、また、OS も何でもよい。
- Condor クラスタのノードを用いることにする。3~4台はあればよいはず。

サーバー (Web サーバー)
- Apache Web Server, PHP, OS は何でもよい
- Condor クラスタのノードを用いる

サーバー (DSMS システム):
- GPU マシン (Tesla)1台: CentOS 上で System S を稼動させる。
  • StreamDNA において reference 塩基配列がメインメモリ上にのるように, 4GB 以上の RAM が必要。
- DSMS 稼働マシン: 
  • 上記 GPU マシンと比較して、若干性能が低いマシン群
  • CentOS 5.2 + System S (64 bit版) が稼動。スケーラビリティを検証するために8ノードは欲しい. いずれは CPU をQuad-Core に換装
- NIS/NFS サーバー: 上記 DSMS 稼動マシンの /home を提供


クライアントマシンと Web サーバー用には Condor クラスタを用いれば良いが、DSMS サーバー用に少なくとも8ノードは欲しい. NTTX-Storeで、時折、格安でサーバーを売り出しているようだ。今日の時点で、NEC Express 5800 が1万800円で買える。信じられないほど安い。クライアントマシンには向くが、PCI-Express x16 がなく、将来的にGPUカードを挿すかもしれないので、断念。

HP のML115 G5というマシンが、どうも四半期の決算日に合わせて売りに出されているようだ。 こちらのマシンが売りに出されたら即購入しよう。要チェック。

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