Smith Waterman法の CUDA 実装

Smith Waterman 法の CUDA 実装として CUDASW++ というものがあるそうです。http://www.biomedcentral.com/1756-0500/2/73　に論文があります。松浦君、読んでみてください。性能評価もしっかりとされているようです。

ソースコードは、SourceForge(http://cudasw.sourceforge.net/) にオープンソースとして公開されているので、我々も利用できますね。とりあえず、我々の研究室でも動かしてみましょう。まあ、今は、院試に集中しましょう。