2009年7月9日木曜日

Prepare for the Deluge

Prepare for the deluge (PDF) という 2008年の Nature の論文に次世代シーケンサーのデータ爆発のことが書かれている。論文の最後は以下のように締めくくられている。

If the data problem is not addressed, ABI’s SOLiD, 454’s GS FLX, Illumina’s GAII or any of the other deep sequencing platforms will be destined to sit in their air-conditioned rooms like a Stradivarius without a bow.

StreamDNA の論文を書くときには、これを reference すべき。

また、画像データの扱いだが、454シーケンサーの場合は、ソフトウェアの更新により生画像からの塩基変換をより高精度に行うことができるので、画像データ(圧縮してもよし)を取っておく意味もあるということが書かれている。

その他、次次世代シーケンサについて書かれた記事。
http://www.wired.com/wiredscience/2008/07/british-institu/

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